維也納華人基督教會的歷史要追溯到1969年中國佈道會創辦人、著名華人佈道家計志文牧師在訪問維也納期間，建議陳龍淑莊伯母成立一個團契。當年5月18日團契第一次在陳伯母家中舉行，取名“維也納中文聚會”（華語團契），共有7人參加。
團契成立後，曾長期在陳伯母的兒子陳倫樂弟兄的工廠聚會，有晨更會、禱告會、主日崇拜及兒童主日學。在1977年團契搬入2區Springergasse 4聚會。
從團契成立，到1991年教會擁有第一任牧者之前（1969-1991），畢業於香港建道神學院的陳伯母擔負了主要的帶領與教導會衆的責任，並得到香港北角宣道會經濟上的幫助有10 年之久；其間也有客座牧師來協助牧養，1987年到1988年，分別有張有光牧師、陳景吾牧師來團契協助。
1989年1月1日，維也納華人基督教會正式成立，張有光牧師主持了同工就職禮，並協助制定教會會章。
1991年11月15日吳天凱傳道作爲教會第一任牧者前來牧會。1993年5月20日，吳天凱傳道被教會按立為牧師，1996年11月16日返回加拿大。
在1996年11月至1999年11月的三年時間裏，宋新源傳道曾無償地義務性牧養教會。
1999年12月15日，吳志坦牧師接替前任牧者牧會。2002年11月，教會由2區遷到15區Hackengasse聚會，並於本月成爲BEG正式成員。
2006年，吳志坦牧師因病提前退休。2006年6月22日，朱樂華牧師携師母來到維也納，接替吳牧師，擔任代理牧師，開始了他們夫婦對教會長達6年的無償事奉。
在朱牧師的帶領下，教會制定了更爲詳盡的會章。2009年的會友大會決議教會購買22區Erzherzog Karl Strasse 171的房產作爲會堂，并於2010年11月23日正式簽約購買。經過半年餘的裝修，教會於2011年6月遷入如今的會堂。在此之前，1997年6月20日法院拍賣教會原在2區聚會場所房東的房產，教會在拍賣會上拍得該房產，并於2008年6月25日售出，所得價值成爲教會建堂基金。在決定購買22區房產後，教會采取認捐的方式，並通過海外教會集資，最終一次性付清所有放款，購入22區會堂。弟兄姐妹們見證了這其間上帝奇妙、大能的帶領。
2011年9月至2016年12月，魏光民牧師擔任教會駐堂牧師。2011年10月30日，教會為以德語為主要語言的弟兄姐妹們成立了德語堂，從此，教會開始有每主日的德語敬拜。2013年，教會與BEG一同加入奧地利獨立教會(FKÖ)，正式成爲被奧地利國家承認、受奧地利憲法保護的享有公法人地位的教會。
2017年1月，魏牧師退休離任。教會開始了兩年餘的聘牧事工。
在聘得新牧者之前，幸得美國創欣神學院在歐洲開拓校區。教會與創欣神學院合作，由神學院派遣神學教授前來維也納授課，並協助牧會。先後前來授課的有：陳今在牧師、張西平牧師、莊保羅牧師、白嘉靈牧師、黃嘉松牧師、林添生牧師。他們均是擁有博士學位的資深牧師，不僅學識淵博，并且牧會經驗豐富，使得羊群在2年餘沒有駐堂牧師的時間内，不僅沒有分散，反而更加增長、茁壯，并於2019年5月的會友大會上，對既有會章進行了大幅度的調整完善，為方便日後新牧者的牧養，做好教會體制與架構的預備。
2019年6月5日，教會創始人陳龍淑莊伯母安息主懷。教會為陳伯母舉辦了隆重的追思禮拜，以感謝主恩，緬懷先輩，激勵後來。歐洲、美國、台灣、香港各地的衆多教會、宣教機構、牧者、弟兄姐妹發來唁電或悼念文章，弟兄姐妹們也備受激勵。
蒙天父上帝的保守，教會於2019年7月終於迎來秦迅傳道夫婦牧養教會。
2020年新年開始，Covid 19疫情就逐步擴散到世界的各個角落，我們所在的阿爾卑斯山地之國奧地利也未能幸免。教會在秦傳道的帶領下，教會因應防疫的需要，在封城期間，把聚會調整為網絡敬拜，平安度過第一波疫情。
在2020年7月26日的會友大會上，根據教會現行會章的規定，決定按立秦迅傳道為牧師。在經過一系列的成立按牧團、考牧的工作後，於2020年9月27日的主日崇拜暨按牧典禮上，由漢堡華人教會吳振忠牧師代表按牧團為秦傳道行按手禮，按立他為牧師。
2020年7月的會友大會同時根據教會的需要，首次設立了教會專職行政文書一職。
回首教會走過的路程，讓我們看到，弟兄姐妹因著共同的信仰，走到一起，建立教會，尊主爲大，弘揚真理，傳揚福音；在我主耶穌基督裏，我們不斷經歷天父上帝奇妙的帶領與恩典。正如詩篇所記：“你以恩典為年歲的冠冕，你的路徑都滴下脂油”，教會走過一個個不同的發展階段，雖歷經風雨，卻都安然度過，并且逐漸成長，逐漸壯大，得救的人數日益增加！
祈願天父上帝繼續大大使用我們的教會，在這末世作真理的金燈臺，群羊的草場，神的家，吸引萬人來歸向我主耶穌基督，得到救恩，靈魂飽足，同走天路，一同成爲主的聖殿！阿門。